НИЦ ФКС создан в 2010 году, объединив лабораторию молекулярной акустики, действовавшей на протяжении более 40 лет (основана известным специалистом в области ультразвуковых исследований проф. Н.Ф. Отпущенниковым) и отдел теоретической физики, преобразованный из соответствующей кафедры. С момента создания до 2025 гг. НИЦ ФКС возглавлял д.ф.-м.н., проф. Ю.А. Неручев. C 2025  г. и.о. руководителя НИЦ ФКС — заведующий  отделом теоретической физики д.ф.м.н. Е.Б. Постников. 

Направления исследований:

• в области эксперимента: изучение термодинамических свойств органических и ионных жидкостей в широком интервале параметров состояния ультразвуковыми и теплофизическими методами, в том числе с использованием уникальной установки высоких давлений, биофизические исследования нестационарных процессов в жидких и мягких конденсированных средах на основе оптических методов.
• в области теории: физическая термодинамика жидкостей при высоких давлениях; математическое моделирование автоколебаний и автоволн в приложении задачам биофизики, в том числе нейронауки, кинетических процессов в физической химии и биофизике, включая задачи популяционной динамики и эпидемиологии, транспортных процессов в сложных средах, разработка вычислительных методов и программного обеспечения для анализа и интерпретации экспериментальных данных.